Esta Cofradía se fundó el 8 de Junio de 1952, firmando sus estatutos el obispo Exmo. Y Rvdo D Rafael García y García de Castro, con el nombre de Ilustre Cofradía de Jesús del Perdón y María Santísima de la Esperanza, con sede canónica en la Iglesia de Santa Isabel de Jaén. Realizando Estación de Penitencia en la tarde del Domingo de Ramos de 1954 y 1955 desde la Parroquia de San Ildefonso, y posteriormente en la nueva sede Canónica la Iglesia de Cristo Rey. A partir del año de 1980, la Cofradía hace manifestación pública de fe por las calles de Jaén el Miércoles Santo.  

Fueron un grupo de jóvenes encabezados por Manuel Pestaña Sánchez, quienes dieron en sus inicios forma a la Hermandad. En 1953 accede a la Gobernación Antonio Donaire Rus, quien se mantuvo en el cargo hasta su fallecimiento en el año 1981, siendo sin duda una de las personalidades más destacadas en la vida de la Cofradía. En 1954 se crea el Cuerpo de Camareras de María Santísima de la Esperanza. En 1965 fue cuando la Cofradía incorpora la advocación del Cristo del Amor, inexistente hasta ese momento. Un año antes era fundado el Real Cuerpo de Heraldos, para escoltar a Jesús del Perdón. Al fallecimiento de Antonio Donaire, es elegido Gobernador, con carácter de provisional, José López Saavedra. Era el año de 1981, y coincidió con la creación del Cuerpo de Costaleros, que procesionarán a hombros la imagen de Jesús del Perdón en la Semana Santa de 1982. Si por algo tenemos que caracterizar a esta etapa de la Cofradía, llamémosla la “antigua” es porque en la misma la Cofradía fue dotada de gran cantidad de enseres, la mayoría procedentes de las donaciones de los miembros de la Junta de Gobierno, en especial por parte de Antonio Donaire.

El hecho más destacado por el que se conoció a esta cofradía en Jaén fue la liberación de un preso de la Prisión Provincial. Este hecho aconteció de manera interrumpida desde 1955 a 1974. Debido a este hecho, es Gobernador Honorario de la Cofradía el Cuerpo de Prisiones.

En 1984, es elegido Gobernador Juan José Romero-Ávila García, que lo fue hasta el año 1998. Fue el impulsor de la Cofradía “moderna”, aglutinando un gran número de gente joven que entró a la par de esta persona. La principal característica de este período que llamaríamos “moderno” es que la Cofradía adquirió gran vida interna, y llenó de contenido todas sus actividades y así misma. Gracias a ello, se renovaron las imágenes del paso de Misterio del Cristo del Amor y se construyó la Fabricanía en los patios de Cristo Rey.

En 1990, todos los pasos son portados por costaleros, y en ese mismo año se fundó el Grupo Joven, cantera inagotable de miembros de la Junta de Gobierno y auténtico bastión de la Cofradía. Igualmente y tutelado por el Grupo Joven, funciona el Grupo infantil, donde se engloban a los más pequeños de la Hermandad.

En 1992, un hecho importantísimo y que cambiaría el devenir en la historia de la Hermandad, sería la realización del paso de misterio y la sustitución de las imágenes del Cristo del Amor y Judas, por las nuevas; todas ellas realizadas por el imaginero José Antonio Navarro Arteaga.

Desde 1998 y hasta el 2004, ocupó el puesto de Hermano Mayor Francisco Javier Palomo Marín, a quién se le debe el hecho de la renovación del canasto del Paso de Misterio del Cristo del Amor, dentro de una línea continuista de su antecesor.

Desde la Semana Santa de 2004, es Joaquín Riquelme Montoro quien ocupa el puesto de Hermano Mayor de la Cofradía, siendo el primero de los mismos formado y salido del grupo joven, y en clara consonancia con las formas y estilos de Juan José Romero-Ávila García y Francisco Javier Palomo Marín.

La Cofradía en esta etapa ha recogido los frutos de los deseos datados de mediados de los años 80, cuando se pretendió que en su título figurase la condición de Sacramental. Así, el Viernes de Dolores del año 2007, datan dos históricos documentos. Por el primero han quedado reformados los Estatutos de la misma. Por el segundo, firmado, como el anterior, por el Excmo. y Rvdmo. Sr. D. Ramón del Hoyo López, Obispo de Jaén, la Cofradía ha sido autorizada a portar en su título el carácter de Sacramental. De hecho la Hermandad tiene constituido su grupo de Adoración Nocturna. Desde ese día el título de la Cofradía es el de Ilustre Hermandad del Santísimo Sacramento y Cofradía de nazarenos de Jesús del Perdón, Cristo del Amor en su prendimiento, María Santísima de la Esperanza, San Pedro y San Juan  Apóstoles. Esto ha conllevado la reforma del escudo y la dignificación de las túnicas de los tramos de hermanos nazarenos.

En el año 2010, es elegido Hermano Mayor Rafael Mariscal Ayllón, quien, en su primer mandato, tuvo el honor de ver culminado el trabajo que se inició en el año 2008, el Centro de Día para personas mayores “Virgen de la Esperanza”. Fue precisamente el 11 de Marzo de 2010 cuando la Hermandad tuvo la gran alegría de inaugurar el Centro de Día, en la Calle Millán de Priego de Jaén, culminando, de esta forma, uno de los grandes anhelos de la Cofradía: realizar una gran obra social en la parcela de caridad.

Ya en su segundo mandato, desde 2013 a 2016, destacan dos hechos importantes como son el cambio del paso de palio de María Santísima de la Esperanza a costal, unificando así el estilo de la Hermandad, y la adquisición de la nueva Casa Hermandad, inaugurada en el último año de esta Junta de Gobierno que comandaba la Cofradía, siendo en el siguiente trienio, ya con Juan Antonio Jurado Moreno al frente, cuando se dotó de vida y se potenció como punto de encuentro de todos los cofrades.

De esta manera, nos adentramos en la etapa como Hermano Mayor del arriba mencionado Juan Antonio Jurado Moreno, la cual consta  también de dos mandatos. En el primero destaca la restauración del Santísimo Cristo del Amor a manos de su autor, Juan Antonio Navarro Arteaga, y por la que le fue devuelto el antiguo esplendor que tanto se añoraba en la Hermandad.

Tras unas elecciones donde la mayoría de cofrades volvieron a depositar la confianza en el que era por aquel entonces el Hermano Mayor, Juan Antonio se enfrenta actualmente al segundo de sus mandatos. Un trienio muy dificultoso, debido a la pandemia del Covid-19, en el cual se ha conseguido que la Hermandad mantenga su estabilidad en todos los ámbitos, potenciando aún más si cabe la Vocalía de Caridad que tan necesaria es en estos momentos. Hay que destacar también la restauración de las imágenes secundarias del misterio que acompaña al Santísimo Cristo del Amor cada Miércoles Santo por las calles de nuestra ciudad.

A lo largo de la historia nuestras Imágenes Titulares han sufrido diferentes restauraciones, habría que destacar una, por lo que significó, como fue la que Luís Álvarez Duarte, discípulo del autor de la talla, Antonio Eslava Rubio, realizaría a la Virgen de la Esperanza en 2008.

Además de los primitivos Estatutos, firmados por el Obispo D. Rafael García y García de Castro, la Hermandad, fruto de posteriores reformas de los mismos, ha contado con Estatutos datados del año 1984, aprobados por el Obispo D. Miguel Peinado Peinado; de 1991, aprobados por el Obispo D. Santiago García Aracil; y en el 2007 y 2013 respectivamente, aprobados por el actual Obispo de la Diócesis D. Ramón del Hoyo López.